Приветствую! У меня проблема решена. Модуль оплаты (который срабатывает самым последним при оформлении заказа) прописывал свой (заранее выставленный в настройках модуля) ID статуса в БД после оформления заказа. В моем случае это был модуль Filterit. В Вашем - возможно другой. Надо понять какой модуль, и какой ID он прописывает в БД. Первое что сделайте - в БД посмотрите какие ID у Ваших текущих статусов заказа. Если Вы удаляли и добавляли статусы, то, скорее всего, порядковая нумерация статусов нарушена. Поправьте. Также в БД посмотрите какой ID статуса прописывается в заказе. Так сможете сделать выводы.
Вообще, как я понял, статус "Пропавшие заказы" получается если модуль оплаты пишет в заказ ID несуществующего статуса. Например: есть статусы "Принят (ID 3)" и "Завершен (ID 2)". Модуль оплаты должен выставлять статус "Принят", у которого должен быть ID 1, и, соответственно, пишет в БД ID 1. Но Ваш статус "Принят" имеет ID 3, оттого движок не понимает что происходит с кидает заказы в "пропавшие".
P.S.
Таблица заказов в БД - oc_order
Таблица статусов в БД - oc_order_status