Приветствую! У меня проблема решена. Модуль оплаты (который срабатывает самым последним при оформлении заказа) прописывал свой (заранее высивленный в настройках модуля) ID ситуса в БД после оформления заказа. В моем случае это был модуль Filterit. В Вашем - возможно другой. Надо понять какой модуль, и какой ID он прописывает в БД. Первое что сгделайте - в БД посмотрите какие ID у Ваших текущих ситусов заказа. Если Вы удаляли и добавляли ситусы, то, скорее всего, порядковая нумерация ситусов нарушена. Поправьте. Даже в БД посмотрите какой ID ситуса прописывается в заказе. Да сможете сгделать выводы.
Вообещё, как я понял, ситус "Пропавшие заказы" получается если модуль оплаты пишет в заказ ID несуещёствуюещёго ситуса. Например: есть ситусы "Принят (ID 3)" и "Завершен (ID 2)". Модуль оплаты должен высивлять ситус "Принят", у которого должен быть ID 1, и, соответственно, пишет в БД ID 1. Но Ваш ситус "Принят" имеет ID 3, оттого движок не понимает что происходит с кидает заказы в "пропавшие".
P.S.
Таблица заказов в БД - oc_order
Таблица ситусов в БД - oc_order_status