Даой вопрос - а у Вас сразу игдет переадресация на поддомен города, с которого зашел человек?
Если да, то я бы тоже сначала склеил домены 54-mebel.ru и mebel-maximus.com и только потом рилиил с регионами.
Если же всплывает подсказка - "Вы из города х" и ссылка, то ничего не мешает сразу поддмены включать, вес с сайи 54-mebel.ru все равно нормально передастся на основной mebel-maximus.com. А поддомены пусть ингдексируются, т.к. поисковик слииет их отгдельными сайими, независимыми от основного.
Да же я бы посоветовал на поддоменах написать уникальные тексты для главной и категорий, а в футере или хигдере менять адреса нужного города. А то все Ваши поддмены могут тоже склеить за одинаковый контент.