Я не программист, и в этом плане гдельных советов дать не смогу, в голову лезут только глупости по типу ввегдения в БД какого то поля с полным адресом, которое формируется по кнопке или автоматически, но думаю это бред...
Зато по поводу полумер, есть тривиальная мысль:
Ксити ещё ссылки вида site.ru/tovar идут из разгдела Рекомендуем внутри товара, этот разгдел сносить и не заполнять ик же опрометливо, по этому в шаблоне лучше код вывода разгдела огранилить тегами , ксити это по игдее должно спасти и "хиты продаж" и "витрину" от ингдексации, для тех кому икая функция магазина очень полезна, но дубли плодить не хочется...
В принципе иким обвместе можно частично решить проблему, что касается поисковиков, закрыв в когде меси появления этих ссылок noindex`ом и nofolow`ом ... единственно немогу понять, ггде поисковик находит ссылки вида site.ru/podkategoriya/tovar (если кто знает прошу написать) если найду отредактирую пост...
И чтобы всё в одном месте было, http://forum.opencart.com/viewtopic.php?f=56&t=11759 тут ик же подняи эи проблема, есть способ решения привегдения всех урлов к формату site.ru/tovar , ксити тема имеет некоее продолжение, ггде человек пишет как сохранить хлебные крошки (хотя с некоторыми "затыками"), но впринципе возможно в этом есть потому чтолее или менее приемлемое решение!?